Akıl yürütme ve karar verme mekanizmalarımızı anlamada beyin taramaları ve hayvan deneylerinin ön plana çıktığını görmekteyiz. Beynimizde görme, işitme, hareket gibi fiziksel faaliyetleri kontrol eden özelleşmiş bölgeler olmasından yola çıkarak hafıza, karar verme, algılama gibi zihinsel faaliyetlere ayrılmış bölgeler olup olmadığını belirlemek öncelikli yapılacak şey. Araştırmalar karar alma sürecinde prefrontal korteksin ön plana çıktığını ve etkin olduğunu göstermekte ve yine de akıl yürütme ve karar mekanizmalarını, prefrontal kortekste elektrik titreşimlerine indirgemek o kadar da kolay olmuyor.

Nöronlar deneyimleri, bilgileri taşıyor ve görevli bölge bunları işleyerek bireyin karar vermesini sağlıyor. Nöronlar bu deneyimleri taşırken de bazıları sadece olumsuz deneyimleri yansıtabiliyor. Bazıları ise ödüllendirici olanları dağıtmakta. Bilgiyi toplama ve işleme sürecinde birçok etken de bulunuyor. Ayrıca kararın sonucunda oluşacak risklerin ve ödüllerin de karar üzerinde etkileri yadsınamaz. Çünkü beynimizde belli işlevler belli merkezlerle ilişkilendirilse dahi, beynin bir bütün olarak çalışmakta olduğunu unutmamak gerekir. Söz konusu karar vermek gibi komplike bir işlev ise farklı bir hal alıyor. Karar verme işlevini hafıza, algı ve motor fonksiyonlarından ayrı düşünemeyiz ve geçmiş deneyimlerimizin ve algımızın kararlarımız üzerinde büyük etkisi var iken, bazen mantığımız ile, bazen duygularımız ile, ama çoğu zaman her ikisini de kullanarak karar vermekteyiz.

Akıl yürütme kendi içerisinde kanıt ve ispat barındıran bir düşünce sistemidir diyebiliriz. Birbiriyle ilişkili önermelerden yeni bir önerme çıkarılma işlemidir. İki kısımdan oluşur;  öncül, akıl yürütmede de kaynak olup, sonuç  ise akıl yürütmede öncüllerden elde edilen önermedir. Bu iki düşünce arasında biri diğer hipotezini sunabilsin. Bu bağlamda akıl yürütmede en az iki önermenin bulunması gerektiğinden bahsedebiliriz. Gerekçe durumundaki önerme ya da önermeler olup öncül veya öncül önerme, kanıtlanan gerekçelendirilmiş önermeye ise sonuç veya sonuç önermesi diyebiliriz.

Karar verirken mantık ile ilişkilendirildiği için yalnızca beynin sağ yarı küresini ya da duygularımız ile ilişkilendirildiği için sadece beynin sol yarı küresini mi kullanıyoruz? Nasıl karar verdiğimizi anlamak için beynimizin karar, mantık, duygu, hafıza, algı ve motor fonksiyonlarından sorumlu merkezlerinin birbirleri ile ilgisini, nasıl uyum içinde çalıştıklarını anlamamız gerekiyor. Aynı anda birçok beyin bölgesini gözlemlemek teknik zorlukları beraberinde getiriyor. Karar verir iken göz önünde bulundurduğumuz birçok değişken beynimizde nasıl temsil ediliyor, bilgi nörondan nörona geçerken nasıl bir dönüşüme uğruyor, birçok bilgi parçası nasıl bir araya gelip ortak bir karar çıkıyor? Bu soruların hiçbirinin cevabı maalesef henüz bilinmiyor.